Флаг городского округа Железнодорожный является официальным символом городского округа Железнодорожный Московской области Российской Федерации.
Флаг был утверждён 20 марта 2002 года как флаг муниципального образования «Город Железнодорожный» (после муниципальной реформы 2006 года — городской округ Железнодорожный) и внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации с присвоением регистрационного номера 940.
15 сентября 2010 года, решением Совета депутатов городского округа Железнодорожный № 07/79, было утверждено положение о флаге округа в новой редакции. Данным положение было решено считать флаг муниципального образования «Город Железнодорожный», утверждённый решением Совета депутатов города Железнодорожного от 20 марта 2002 года № 09/14, флагом городского округа Железнодорожный.
Флаг муниципального образования «город Железнодорожный» Московской области составлен на основании герба города Железнодорожный по правилам и соответствующим традициям вексиллологии и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции.
